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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
Eulimnogammarus verrucosus 是貝加爾湖獨特生態系特有的端足類動物，是生態毒理學研究中的新興模式。我們在此報告對其基因組的調查測序，作為建立該物種序列資源的第一步。 >從單泳道的雙端定序資料中，我們估計基因組大小接近 10 Gb，並獲得了重複內容的概覽。至少三分之二的基因組是非獨特的 DNA，三分之一的基因組 DNA 僅由五個重複元件家族組成，包括低複雜性序列。在移除高度重複的組件之前和之後，嘗試使用現成的組裝工具在可用的低覆蓋率數據上都失敗了。儘管如此，我們還是使用基於種子的方法組裝了覆蓋 33 個 pre-microRNA 和 9 個 Hox 基因的包含同源結構域的外顯子的短重疊群。缺乏旁系同源物的明確證據意味著基因組重複並沒有導致基因組大小變大。我們也報告了使用新的引導「結晶」程序組裝粒線體基因組。這裡提出的初步結果為對這個大型基因組進行更完整的定序和分析奠定了基礎。