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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
ncRNA 的分子間相互作用是基因調控事件的核心，識別這些相互作用的完整圖譜對於 ncRNA 功能研究至關重要。眾所周知，RNA-RNA 相互作用是透過相互作用的 RNA 之間的互補鹼基配對建立的，而兩個 RNA 序列之間的高水平互補性是這種相互作用的有力預測因子。在這裡，我們推出了 RIsearch2，一種大規模 RNA-RNA 相互作用預測工具，能夠快速定位給定查詢序列和目標序列之間潛在的近乎互補的 RNA-RNA 相互作用。與先前的啟發式方法（在包含 G-U 擺動對的同時搜尋精確匹配或採用簡化的能量模型）相比，我們提出了一種使用基於後綴數組的單一整合種子和擴展框架的新穎方法。 RIsearch2 能夠在基因組/轉錄組範圍內快速發現候選 RNA-RNA 交互作用。我們還提出了一種 siRNA 脫靶發現流程，不僅可以預測脫靶轉錄本，還可以計算給定 siRNA 的脫靶潛力。這是透過將全基因組 RIsearch2 預測與目標位點可訪問性和轉錄本豐度估計相結合來實現的。我們表明，該流程可以準確預測 siRNA 脫靶相互作用，並能夠對不同 siRNA 設計之間的脫靶潛力進行比較。 RIsearch2 和 siRNA 脫靶發現流程可作為獨立軟體包從 取得。