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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA 二級結構可以計算為某些循環匹配問題的最佳解決方案。準確處理這種能量最小化問題必須考慮到具有非平凡自同構的二級結構的小但不可忽略的熵不穩定。這種內在對稱性通常被排除在演算法方法之外。然而，由於影響很小，它們僅對序列層面上具有對稱性的RNA起作用，並且僅出現在實際應用中較少使用的特定設定中，例如圓形折疊或兩個或多個相同RNA的共同折疊。在這裡，我們證明具有對稱項的 RNA 折疊問題仍然可以透過多項式時間演算法來解決。根據經驗，對稱基態結構的比例隨著鍊長度的增加而減少，因此忽略對稱項引入的誤差影響的預測越來越少。然後我們探索組合！對稱二級結構的詳細資訊。令人驚訝的是，對稱結構和非對稱結構之間的生成函數奇點是一致的。此外，還導出了圓形和共同折疊版本的生成函數和顯式漸近結果。