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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA 二級結構預測的一個關鍵方面是新功能元件的識別。這是一項具有挑戰性的任務，因為這些元素通常嵌入在較長的轉錄本中，其中必須定義元素和側翼區域之間的邊界。側翼序列在計算分析水平以及當提取元件作為實驗分析的轉錄物時影響功能元件的折疊。在這裡，我們透過計算不同大小的側翼區域的折疊機率來分析不同的側翼區域長度如何影響折疊成約束結構。我們的方法 RNAcop（RNA 上下文優化機率）在已知的和從頭預測的結構上進行了測試。體外實驗支持計算分析，並表明對於許多結構，選擇適當的側翼區域長度至關重要。 RNAcop 可作為網頁伺服器和獨立軟體透過 提供。