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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA二級結構的動態變化在許多調控RNA的功能中扮演重要角色。這種動力學效應，特別是在時變和外部觸發的系統中，通常透過對大量單獨折疊軌跡進行廣泛且昂貴的模擬來研究。在這裡，我們描述了一種通用方法的理論基礎，該方法不僅允許直接計算近似人口密度，而且還將分析折疊能量景觀所需的工作量減少到一次性預處理步驟。基本概念是考慮單一景觀的動力學，並將外部觸發因素和環境變化建模為景觀中微小但離散的變化。 「長條圖」連結了時間上相鄰景觀的宏觀狀態，並定義了人口密度從一個「快照」到下一個「快照」的轉移。透過在 BarMap 軟體中實施，這種方法使得研究許多非平穩情況下盆地、鞍點和屏障水平的折疊過程成為可能，包括溫度變化、共轉錄折疊、降解導致的重折疊以及機械約束動力學，如聚合物通過孔的易位情況。