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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA二級結構預測的準確度隨著鹼基對的跨度（即它所包含的核苷酸的數量）而降低。 RNA 折疊的動態程式演算法可以輕鬆專門化，以便僅考慮有限跨度 L 的鹼基對，從而將記憶體需求降低到 O(nL)，並透過交錯回溯進一步降低到 O(n)。然而，後者是一種近似，妨礙了全局最優結構的檢索。因此，到目前為止，ViennaRNA 軟體包還沒有提供用於計算最佳的、跨度限制的最小能量結構的工具。在這裡，我們報告了一種有效的回溯演算法，該演算法根據 RNALfold 中實現的交錯回溯產生的局部最優片段重建全局最優結構。一個實作已整合到 ViennaRNA 套件中。 RNALfold 的前向和回溯遞歸都很容易受限於具有足夠負 z 分數的結構組件。這提供了一種識別超穩定結構元素的便捷方法。線蟲基因組的篩選表明，與二核苷酸改組的背景模型相比，這些特徵在真實基因組序列中更加豐富。