本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA已成為合成生物學中不可或缺的建構材料。 RNA 分子以其可有效計算的二級結構為主導，不僅適合體外和體內選擇，而且適合基於計算的合理設計。雖然構建具有指定基態結構的 RNA 序列的反向折疊問題在近二十年中受到了相當多的關注，但在設計可以在不同的指定構象之間切換的 RNA 方面卻很少做出努力。我們引入了一種用戶友好的工具，用於設計折疊成多個目標結構的 RNA 序列。底層演算法結合使用圖形著色和啟發式局部最佳化來尋找其能量景觀由規定構象主導的序列。靈活的介面允許指定廣泛的設計目標。我們證明，對於所需目標結構的絕大多數相容組合，可以透過適度的計算工作輕鬆設計雙穩態和三穩態開關。 RNAdesign 可根據 GPL-v3 許可證免費取得。