聖塔非研究所

摘要 RNA病毒是新出現的傳染病的主要來源,因為它們複製速度快、族群規模大以及突變和重組率高,因此具有進

2022-09-02 · 已發表論文 · 更新 2026/03/19 上午03:11

摘要 RNA病毒是新出現的傳染病的主要來源,因為它們複製速度快、族群規模大以及突變和重組率高,因此具有進化潛力。然而,一個同樣重要但通常被忽略的屬性是健身景觀的地形。存在多少個適應最大值以及它們的連接程度特別有趣,因為這決定了可訪問的進化路徑的數量。為了解決這個問題,我們重建了菸草蝕斑病毒的適應性景觀區域,該區域由病毒在實驗適應新宿主擬南芥期間觀察到的突變構成。對許多基因型的適…

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論文資訊

  • 類型:已發表論文
  • 日期:2022-09-02

摘要

RNA病毒是新出現的傳染病的主要來源,因為它們複製速度快、族群規模大以及突變和重組率高,因此具有進化潛力。然而,一個同樣重要但通常被忽略的屬性是健身景觀的地形。存在多少個適應最大值以及它們的連接程度特別有趣,因為這決定了可訪問的進化路徑的數量。為了解決這個問題,我們重建了菸草蝕斑病毒的適應性景觀區域,該區域由病毒在實驗適應新宿主擬南芥期間觀察到的突變構成。對許多基因型的適應性進行了測量,並顯示景觀中存在多個峰值和洞穴。我們發現突變之間普遍存在上位效應,相互符號上位的情況在突變對中很常見。我們也發現,高階上位性與成對上位性對於適應度的貢獻同樣重要。因此,結果表明,由於致命基因型造成的孔洞的存在,地形崎嶇不平,存在數量非常有限的潛在中性路徑,並且包含單一適應性峰值。