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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
RNA病毒是進化最快的生物實體之一。在宿主體內，它們以遺傳多樣性的群體（即病毒突變體群）的形式存在，這些群體是由不同的進化機制塑造而成的，例如突變、自然選擇和遺傳漂變，以及突變體群內遺傳變異體之間的相互作用。為了闡明調節重要植物病原病毒族群多樣性的機制，我們用馬鈴薯病毒 Y (PVY) 在馬鈴薯基因型中進行了演化實驗，這些馬鈴薯基因型對病毒的防禦反應不同。透過對小 RNA 進行深度定序，我們追蹤了病毒譜系進化中的固定變異和新產生的變異的時間動態。時間採樣方法使我們能夠（i）透過使用單核苷酸多態性軌蹟的聚類來重建起始群體中的理論單倍型，以及（ii）使用定量群體遺傳學方法來估計選擇和遺傳漂變及其相互作用對病毒進化的貢獻。我們檢測到強選擇性掃描和狹窄遺傳瓶頸的印記，然後是所選單倍型頻率的變化。不同易感宿主基因型中病毒進化模式的比較表明，PVY 在不易感宿主中可能存在多樣化進化（有效累積水楊酸）。