摘要 SmY RNA 是一個類似於線蟲中發現的 70 90 nt 小核 RNA 的家族

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

SmY RNA 是一個類似於線蟲中發現的 70-90 nt 小核 RNA 的家族。在線蟲中，SmY RNA 在與參與線蟲 mRNA 轉拼的 SL1 和 SL2 snRNP 相關的小核糖核蛋白 (snRNP) 複合物中共純化。在這裡，我們描述了對目前可用基因組序列中發現的 SmY RNA 同源物的全面計算分析。我們鑑定了 Chromadorea 類所有已定序線蟲基因組中的同源物。我們無法在關係較遠的線蟲物種旋毛蟲（綱：Dorylaimia）和使用反式剪接的非線蟲門代表中鑑定同源物。透過比較 RNA 序列分析，我們推論出一個保守的共有 SmY RNA 二級結構，由位於共有 Sin 蛋白結合位點兩側的兩個莖組成。 SmY RNA 家族的代表性種子比對，以推斷的共有二級結構註釋，已保存在 Rfam、RNA 家族資料庫中。