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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
了解由基因、RNA、蛋白質組成的基因調控網絡以及它們之間的網絡聯繫和動態控制規則，是當代系統生物學的重大任務。我在這裡重點討論使用集成方法來尋找一個或多個定義明確的模型網絡集成，其統計特徵與真實細胞和生物體的統計特徵相匹配。這樣的集合應該有助於解釋和預測真實細胞和生物體的特徵。更準確地說，模型網路的集合是透過對監管互動的「接線圖」的約束以及管理網路受監管組件的動態行為的「規則」來定義的。該集合由符合這些約束的所有網路組成。在這裡，我討論隨機布林網路、無標度布林網路、「medusa」布林網路、連續變數網路等的集合。對於每個集合，測量M個統計特徵，例如透過瞬時改變單一基因的活性而釋放的基因活性變化的雪崩的大小分佈、不同細胞類型上的基因活性之間的距離分佈等。這創建了一個 M 維空間，其中每個集合對應於一組點或分佈。使用目前和未來的實驗技術，例如基因陣列，將測量真實細胞和生物體的這些 M 屬性，再次在 M 維空間中產生一組點或分佈。然後，該過程會找到接近真實細胞和生物體的集合，並爬山以嘗試匹配觀察到的 M 特徵。從而獲得一個或多個可以預測和解釋細胞和生物體調節網絡的許多特徵的集合。 (C) 2004 Elsevier Ltd. 保留所有權利。