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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
二價（平衡或暫停）染色質包括活化和抑制相同位置的組蛋白修飾。啟動子或增強子區域的表觀遺傳標記組合使基因保持低水平表達，但準備快速活化。通常，二價啟動子處的 DNA 在正常細胞中僅低度甲基化，但在癌症樣本中經常顯示出升高的甲基化水平。在這裡，我們開發了一種根據染色質數據構建的通用分類器，可以僅透過二價染色質的高甲基化來識別癌症樣本。在來自多種癌症類型的 7,000 多個 DNA 甲基化資料集上進行測試，其 AUC 達到 0.92。儘管較高水平的 DNA 甲基化通常與轉錄沉默相關，但最近報告了兩種癌症類型的 DNA 甲基化和表達水平之間存在反直覺的正統計依賴性。在這裡，我們重新分析了包含 5,000 多個樣本的組合表達和 DNA 甲基化數據集，並證明二價染色質的高甲基化與相應基因的上調相結合是癌症中的普遍現象。這種上調影響許多發育基因和轉錄因子，包括數十種同源盒基因和其他與癌症有關的基因。因此，我們推論二價染色質的失調可能與腫瘤發生密切相關。