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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
人類免疫缺陷病毒 1 型 (HIV-1) 突變使細胞毒性 T 淋巴細胞 (CTL) 無法識別，有時會導致病毒適應性降低。然後，在不存在受先前宿主的 HLA 等位基因限制的 CTL 介導的免疫選擇壓力的情況下，這些突變可以在傳播到新宿主時恢復。為了確定病毒上這些潛在的關鍵識別點，我們使用三種系統發育校正方法對來自 261 名南非人的完整 HIV-1 C 亞型蛋白質組進行了 HLA 驅動的病毒進化評估，並確定了賦予 CTL 易感性或抗性的氨基酸。總共鑑定了 558 個 CTL 敏感和抗藥性的 HLA-氨基酸關聯，並將其組織成 310 個免疫學集（與單一 HLA/表位組合相關的個體關聯組）。七個易感殘基（包括 Gag 中的四個）的突變與具有相應 HLA 等位基因的個體血漿病毒 RNA 載量較低（q < 0.2 [其中 q 是預期的錯誤發現率]）相關。沒有相應 HLA 等位基因的人群中對抗性殘基敏感的比例按 Vpr > Gag > Rev > Pol > Nef > Vif > Tat > Env > Vpu 的順序變化（Fisher 精確檢定；每次比較 P <= 0.0009），表明與 CTL 逃逸相關的基因的適應度成本排名相同。與 HLA-A 相比，與胺基酸變化相關的 HLA-B (chi(2)；p = 3.59 x 10(-5)) 和 HLA-C (chi(2)；p = 4.71 x 10(-6)) 等位基因明顯更多，凸顯了它們在驅動病毒進化中的重要性。總之，特定的 HIV-1 殘基（富含 Vpr、Gag 和 Rev）和 HLA 等位基因（特別是 B 和 Q）賦予對 CTL 反應的易感性，並且可能在開發旨在降低病毒載量的疫苗中發揮重要作用。