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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
人類微生物組代表了一個極其複雜的生態系統，與我們的發育、生理和健康密切相關。由於高通量分子技術的最新進展，我們從該系統產生多通道組學數據的能力不斷增強，因此需要開發系統級方法和模型，不僅要考慮微生物組中基因和物種的組成，還要考慮這些成分之間的相互作用。此類模型的目標應該是研究微生物組作為一個物種群落，其代謝彼此以及與宿主的代謝緊密交織，並且應該以整合、全面和預測的建模框架為目標進行開發。在這裡，我們特別回顧了人類微生物組代謝建模的最新工作，並強調了新穎的方法和緊迫的挑戰。我們討論了為全面預測模型奠定基礎的各種建模方法，重點關注微生物物種之間的相互作用模型、群落水平代謝的宏基因組規模模型以及微生物組與宿主之間的相互作用模型。此類模型的持續開發及其與微生物組多尺度模型的整合將導致對微生物組變異如何影響宿主有更深入的機制理解，並將促進從現有的豐富數據中發現臨床相關和生態相關的見解。