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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
人類微生物組在人類健康中發揮著重要且日益被認可的作用。微生物組的研究通常使用 I 6S rRNA 基因的標靶定序、全宏基因組鳥槍法定序或其他元組學技術來表徵微生物組的組成、活性和動態。處理、分析和解釋這些數據涉及大量計算工具，旨在過濾、聚類、註釋和量化所獲得的數據，並最終提供微生物群落分類、功能能力和行為的準確且可解釋的概況。然而，這些工具通常在分辨率和準確性方面受到限制，並且可能無法捕捉到許多生物學和臨床相關的微生物組特徵，例如菌株水平變化或對擾動的細微功能反應。在過去的幾年裡，人們投入了大量的努力來應對這些挑戰，並開發新的計算方法來準確、高解析度地表徵微生物組數據。這些方法旨在量化菌株層級的組成和變異，檢測和表徵稀有微生物組物種，將特定基因與單一分類群聯繫起來，並更準確地表徵微生物組的功能能力和動態。這些方法以及產生詳細和精確的微生物組資訊的能力對於為基於微生物組的個人化治療提供資訊顯然至關重要。在這篇綜述中，我們調查了這些方法，強調了每種方法要解決的挑戰，並簡要描述了方法論。