摘要 使用者驅動的電腦 RNA 同源性搜尋仍然是一項艱鉅的任務

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

使用者驅動的電腦 RNA 同源性搜尋仍然是一項艱鉅的任務。在某種程度上，這是計算工具精度有限的結果，儘管該領域最近取得了令人興奮的進展，並且在某種程度上，計算成本在實踐中仍然是一個問題。正如我們在這裡所討論的，一個重要且主導的問題是對 RNA 良好策劃（二級）結構比對的依賴。這些通常很難獲得，並不是因為可用數據的固有限制，而是因為它們需要大量的手動管理，而這種努力很少被承認。在這裡，我們定性地描述了一個現實場景，即「普通用戶」（即特定 RNA 家族的非專家）在實踐中可以做什麼，以及可能取得什麼樣的結果。儘管計算 RNA 生物學取得了無可爭議的進步，但結論卻令人沮喪：除非包含有關 RNA 家族的廣泛專業知識，否則 BLAST 仍然比其他方法更好或同樣好。然而，當有良好的策劃數據可用時，最近的發展在尋找遠端同源物方面產生了進一步的改進。同源搜尋超出了 BLAST 的範圍，因此根本不是一項常規任務。