摘要 儘管最近開發了高效的抗丙型肝炎病毒（HCV）藥物，但這種病原體的全球負擔仍然巨大

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

儘管最近開發了高效的抗丙型肝炎病毒（HCV）藥物，但這種病原體的全球負擔仍然巨大。控製或根除丙型肝炎病毒可能需要廣泛應用抗病毒藥物並開發有效的疫苗。對導致生產性臨床感染的傳播/創始人 (T/F) HCV 基因組進行精確的分子鑑定可能在疫苗研究中發揮關鍵作用，就像 HIV-1 一樣。然而，這兩種 RNA 病毒的複製模式有很大不同，病毒對宿主先天防禦和適應性防禦的反應也有很大不同。這些差異引發了關於 T/F HCV 基因組推論的確定性的問題，特別是在觀察到多個密切相關的序列譜系的情況下。為了澄清這些問題並區分早期 HCV 多樣化的競爭模型，我們研究了 7 個人類和黑猩猩的急性 HCV 感染病例，其中包括 3 個相關捐贈者和受體之間病毒傳播的例子。使用血漿 vRNA 的單基因組定序 (SGS)，我們發現受者中推斷的 T/F 序列與其各自供者中的病毒序列相同。在感染早期，HCV 基因組通常根據簡單的隨機演化模型進化，其中聚結對應於 T/F 序列。密切相關的序列譜係可以用來自供體的高多重性感染來解釋，該供體的病毒序列由於治療、免疫選擇或最近的感染而經歷了傳播前瓶頸。這些發現驗證了 SGS 連同數學模型和系統發育分析作為推斷 T/F HCV 基因組序列的新策略。