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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
儘管神經發育疾病存在相當大的遺傳異質性，但有令人信服的證據表明，許多疾病基因將映射到數量少得多的生物子網路。我們開發了一種稱為 MAGI（將受影響的基因合併到整合網路中）的計算方法，該方法在大腦發育過程中同時整合蛋白質-蛋白質相互作用和 RNA-seq 表達譜，以發現先證者中從頭突變豐富的「模組」。我們最近將這種方法應用於 1116 名自閉症和智力障礙患者的外顯子組定序，發現了兩個特性和相關表型不同的不同模組。第一個模組由與 Wnt、Notch、SWI/SNF 和 NCOR 複合物相關的 80 個基因組成，並在胚胎髮育早期（受孕後 8-16 週 [pcw]）顯示出最高表達。第二個模組由 24 個與突觸功能相關的基因組成，包括長時程增強和具有較高出生後表達量的鈣訊號傳導。與在這些模組之外發生新生突變的先證者相比，在這些模組中發生新生突變的患者智力受損更嚴重，並且攜帶更嚴重的錯義突變。我們使用我們的方法來定義與較高功能自閉症以及較高智商嚴重程度相關的網路子集。最後，我們將 MAGI 獨立應用於癲癇和精神分裂症外顯子定序，發現這些模組存在顯著重疊和擴展，這表明看似不同的人類疾病共有一組核心的整合神經發育網絡。