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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
全基因組亞硫酸氫鹽定序目前處於表觀遺傳學分析的前沿，有助於在全基因組範圍內實現 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 的核苷酸水平分辨率。基於從人類或擬南芥等模式生物中獲得的知識，專門的軟體已經被開發出來，以適應將此類定序讀取與給定參考比對的獨特困難。隨著表觀遺傳學領域將其範圍擴展到非模型植物物種，出現了新的挑戰，使人們對先前建立的工具的適用性產生了質疑。在此，評估了九種短讀對齊：Bismark、BS-Seeker2、BSMAP、BWA-meth、ERNE-BS5、GEM3、GSNAP、Last 和 segemehl。與從三個自然種質獲得的真實定序資料相比，模擬比對的精確回憶顯示，BWA-meth 和 BSMAP 能夠在作圖過程中充分利用資料。難以繪製區域的影響以重複註釋的定序深度偏差為特徵，透過與實際甲基化組相比所得甲基化調用的平均絕對偏差來評估。下游甲基化分析響應於與映射品質（MAPQ）相關的多重映射讀取的處理，並且可能容易受到由於密集甲基化讀取的序列複雜性增加而產生的偏差。