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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
全基因組多序列比對 (MSA) 是日益多樣化的比較基因組方法的必要先決條件。在這裡，我們提出了一種為非蛋白質編碼序列生成高品質 MSAS 的通用方法。 NcDNAlign 管道結合了成對 BLAST 比對來建立初始 MSA，然後對其進行局部改進和修剪。該程式針對速度進行了最佳化，因此特別適合試點研究。我們在三個案例研究中展示了 NcDNAlign 的實際用途：在γ變形菌中尋找 ncRNA 以及在線蟲和硬骨魚中保守非編碼 DNA 的分析，在後一種情況下重點關注重複的超保守區域的命運。與目前廣泛使用的全基因組比對程式 TBA 相比，我們的程式可將產生 γ 變形菌比對所需的 CPU 時間減少 20 至 30 倍。基於兩種演算法比對的細菌 ncRNA 預測的展示應用導致相似的靈敏度、錯誤發現率和多達 100 個假定的新穎 ncRNA 結構。類似的發現也適用於我們應用 NcDNAlig 來鑑定線蟲和硬骨魚類中的超保守區域。這兩種方法都會產生未知功能的保守序列，從而對這些基因組之間的保守模式產生新的進化見解，並體現出高效可靠的全基因組比對包的好處。該軟體可根據 GNU 公共授權在 上取得。 (C) 2008 Elsevier Inc. 保留所有權利。