摘要 動機：RNA RNA 交互作用問題 (RIP) 在於尋找兩個相互結合的 RNA 分子的能量最佳結構

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

動機：RNA-RNA 交互作用問題 (RIP) 在於尋找兩個相互結合的 RNA 分子的能量最佳結構。標準模型允許兩個夥伴中的二級結構以及兩個 RNA 之間的附加鹼基對受到某些限制，以確保 RIP 可透過多項式時間動態程式演算法解決。 RNA-RNA 結合，就像 RNA 摺疊一樣，通常不受基態結構支配。相反，大量替代結構有助於相互作用熱力學。結果：我們在此提出了一種 O(N-6) 時間和 O(N-4) 動態規劃演算法，用於計算 RIP 的完整配分函數，該演算法基於「緊密結構」的組合概念。儘管與 H. Chitsaz 及其合作者最近的工作相當，但我們的方法也提供了鹼基配對機率的全面計算，這依賴於聯合結構的分解樹的概念。在實踐中，我們的實施足夠有效，例如，可以研究小細菌 RNA 與其目標 mRNA 的相互作用。