摘要 動機：小核仁 RNA 是一類豐富的非編碼 RNA，可指導 rRNA、snRNA 和一些 mRNA

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

動機：小核仁 RNA 是一類豐富的非編碼 RNA，可指導 rRNA、snRNA 和一些 mRNA 的化學修飾。然而，對於許多「孤兒」snoRNA 來說，目標核苷酸仍然未知。框 H/ACA 子類確定了透過明確的二級結構配置中的特異性互補結合轉化為假尿苷的尿苷殘基，這超出了常見 RNA（共）折疊演算法的範圍。結果：RNAsnoop 實現了一種動態編程演算法，可以在高效的掃描變體中計算熱力學最佳 H/ACA-RNA 相互作用。輔以基於支持向量機 (SVM) 的機器學習方法（用於區分真實結合位點和虛假解決方案）以及評估比較資訊的系統，它為預測 H/ACA snoRNA 目標位點提供了一種高效可靠的工具。我們應用 RNAsnoop 來識別 snoRNA，這些 snoRNA 負責人類 rRNA 中剩餘的幾個「孤兒」假尿苷修飾，並將目標分配給果蠅中的五個孤兒 H/ACA snoRNA 之一。