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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
動機：已經提出了幾種用於預測帶有假結的 RNA 結構的動態編程演算法，這些演算法在所考慮的結構類別中彼此之間存在顯著差異。結果：在這裡，我們根據可嵌入固定屬表面的不可約成分，使用 RNA 結構的自然拓撲分類。我們在傳統的二級結構中加入了屬一的四個構建塊，以便建構任意高屬的某些結構。相應的明確的多重上下文無關語法為能量最小化、分配函數和隨機採樣提供了有效的動態程式方法。它允許對假結懲罰進行拓撲相關的參數化，與早期方法相比，預測鹼基對的靈敏度和陽性預測值提高了 10-20%。也討論了基於更高屬構建塊的更通用模型。