摘要 動機：已經證明，標靶位點的可及性對 RNA RNA 結合（特別是 miRNA 和 siRNA 的特

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

動機：已經證明，標靶位點的可及性對 RNA-RNA 結合（特別是 miRNA 和 siRNA 的特異性和效率）具有至關重要的影響。最近，O(N-6) 時間和 O(N-4) 空間動態規劃 (DP) 演算法已可用，可計算 RNA-RNA 相互作用複合物的配分函數，從而提供對其熱力學性質的詳細了解。結果：對早期方法基礎語法的修改使得能夠計算目標 RNA 上任何給定區間的相互作用機率。 「混合機率」的計算由隨機採樣演算法補充，該演算法產生 RNA-RNA 相互作用結構的玻爾茲曼加權集合。 k 個結構的取樣僅需要可忽略的額外記憶體資源，且運行時間為 O(k.N-3)。