摘要 動機：現有的合併模型和基於它們的系統發育工具並不是為研究像 HIV 那樣的序列譜係而設計的，因為在

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

動機：現有的合併模型和基於它們的系統發育工具並不是為研究像 HIV 那樣的序列譜係而設計的，因為在 HIV 重組體中，親本株之間經常出現多個交叉點。因此，在將 HIV 序列分類為亞型和循環重組形式 (CRF) 時，模糊的情況一直採用臨時方法進行處理，但缺乏基於解釋複雜重組模式的綜合合併模型的工具。結果：我們開發了 ARGUS 程序，該程序將序列分類為亞型和重組形式。它重建祖先重組圖（ARG），反映給定分類假設的輸入序列的譜系。使用馬可夫鏈蒙特卡羅方法來近似具有最大機率的 ARG。 ARGUS 能夠將錯誤率較低的正確分類與具有實際參數的模擬研究中的合理替代分類區分開來。我們應用我們的演算法在 HIV-1 的 CRF02 分類中的兩個最近爭論的替代方案之間做出決定，並發現 CRF02 確實是 A 和 G 亞型的重組體。