摘要 動機：目前，最好的 RNA RNA 交互作用預測工具是基於考慮雜交 RNA 的分子間和分子內相互作

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

動機：目前，最好的 RNA-RNA 交互作用預測工具是基於考慮雜交 RNA 的分子間和分子內相互作用的方法。這些方法雖然準確，但速度太慢且佔用大量內存，無法用於全基因組 RNA 標靶掃描。忽略分子內結構的替代方法對於全基因組應用來說足夠快，但太不準確而沒有太多實際用途。結果：開發了一種新的 RNA-RNA 相互作用方法，其預測精度與明確考慮分子內結構的演算法相似，但運行速度比 RNAup 快至少三個數量級。這是透過使用預先計算的可達性設定檔與近似能量模型的組合來實現的。這種方法在新版本的 RNAplex 中得到了實作。該軟體還提供了一種使用多個序列比對作為輸入的變體，進一步提高了特異性。