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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
動機：許多重複的 DNA 元件以可觀的表現量進行轉錄。然而，將相應的 RNA 定序讀取映射回參考基因組是一項非常困難且容易出錯的任務。如果化學修飾引入系統錯配，而同時基因組位點僅大致相同（如 tRNA 的情況），則尤其如此。結果：因此，我們開發了一種專門的映射策略來處理 RNA-seq 讀取，該讀取依賴於修改的目標基因組映射到 tRNA，其中已知的 tRNA 位點被屏蔽，而無內含子 tRNA 前體序列被附加為人工「染色體」。在第一遍中，提取與成熟 tRNA 邊界重疊的讀取。在第二遍中，剩餘的讀數被映射到 tRNA 掩蔽的目標，該目標由代表性的成熟 tRNA 序列增強。使用模擬和現實生活數據，我們表明，我們的最佳實踐工作流程消除了更簡單的映射方案引入的大部分映射偽影，並使可靠地識別通用小 RNA-seq 數據中的許多化學 tRNA 修飾成為可能。使用模擬數據，FDR 僅為 2%。我們找到了 tRNA 修飾模式的組織特異性差異的令人信服的證據。