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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
原則上，串聯質譜可用於檢測和定量微生物組樣本中存在的勝肽，從而能夠對微生物組代謝活動進行功能和分類學了解。然而，構成特定微生物組的系統發育多樣性通常是未知的，並且存在的許多生物體可能沒有組裝的基因組。在海洋微生物組樣本中，由於細菌群落特別多樣化且未培養，因此很難建立包含樣本中大量勝肽的蛋白質資料庫而不損失檢測靈敏度，因為每個串聯質譜的候選勝肽數量龐大。我們描述了一種從微生物組樣本的鳥槍法宏基因組定序中衍生出「元肽」（可能在多種生物體中代表的短氨基酸序列）的方法。在兩個海洋微生物組樣本中，我們建立了位點特異性元肽資料庫，檢測到的勝肽數量是透過從組裝的宏基因組中搜尋預測基因來檢測的勝肽數量的一倍半以上，以及透過搜尋 NCBI 環境蛋白質組資料庫來檢測的勝肽數量的大約三倍。增加的勝肽產量有可能豐富樣品宏蛋白質組的分類學和功能表徵。