摘要 古菌基因組密集；因此，正確的轉錄終止是協調基因表現的重要因素

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

古菌基因組密集；因此，正確的轉錄終止是協調基因表現的重要因素。迄今為止，僅在兩種古細菌（馬氏甲烷八疊球菌和酸熱硫化葉菌）中進行了 RNA 3' 末端的系統分析，以使用 RNAseq 數據識別轉錄終止位點 (TTS)。在這項研究中，僅分析了註釋基因的直接下游區域，因此僅研究了基因組的一部分。在這裡，我們開發了一種新穎的演算法（內部富集峰調用），該演算法允許對 RNA 3' 末端進行公正的、全基因組的鑑定，而與註釋無關。在透過終止子核酸外切酶 (TEX) 處理富集初級轉錄本的 RNA 級分中，我們鑑定了 1,543 個 RNA 3' 端。其中約一半位於基因間區域，其餘的位於編碼區域。與基因間位點已知終止事件一致的強序列特徵顯示其中天然 TTS 明顯富集。使用這些數據，我們確定了基因間（T 延伸）和編碼區（AGATC）的不同推定終止基序。所選 TTS 的體內報告基因測試證實了這些位點的終止，這例證了不同的基序。對於多個基因，檢測到多個終止位點，導致轉錄物的 3' 非翻譯區 (3' UTR) 長度不同。