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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
在大腸桿菌等微生物的實驗演化中，許多複製族群都是從共同的祖先演化而來的。冷凍補充冷凍保護劑甘油的族群樣本可以進行後續分析或重新啟動演化實驗。通常，每個進化的群體以及以這種方式存檔的每個樣本都由許多獨特的基因型和表型組成。歸檔對這種異質群體的影響尚不清楚。在這裡，我們確定了大腸桿菌的最佳存檔條件。我們也使用存檔樣本的基因組定序來研究存檔對基因組群體多樣性的影響。我們觀察到沒有等位基因替換，且等位基因頻率大多有微小變化。然而，基因組規模等位基因多樣性的主成分分析表明，歸檔會影響許多基因座的多樣性。我們表明，這種多樣性的變化是由於選擇而不是漂移造成的。此外，大約有 1% 的低頻出現的罕見等位基因在治療後會流失。我們的觀察結果表明，存檔的群體可用於進行群體的適應性或其他表型測定，其中稀有等位基因的缺失可能產生可忽略不計的影響。然而，當從甘油儲備重新開始定序群體時，以及使用甘油儲備重新啟動或重播演化時，需要謹慎。這是因為，如果遺失的等位基因非常有益，那麼稀有等位基因的缺失可能會改變族群未來的演化軌跡。