摘要 在新定序的基因組的初始發布中通常缺少非蛋白質編碼 RNA 的詳細註釋

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

在新定序的基因組的初始發布中通常缺少非蛋白質編碼 RNA 的詳細註釋。在這裡，我們報告了粘性絲盤菌（Trichoplax adhaerens）基因組的全面 ncRNA 註釋，粘盤絲盤菌可能是最基礎的後生動物，其基因組迄今為止已發表。由於blast僅辨識出一小部分最保守的ncRNA，特別是rRNA、tRNA和一些snRNA，因此我們開發了半全域動態程式設計工具GotohScan，以提高同源性搜尋的靈敏度。它成功鑑定了主要和次要剪接體 snRNA 的完整互補體、RNase P 和 MRP RNA 的基因、SRP RNA 以及幾種小核仁 RNA。我們沒有發現任何與已知真後生動物序列同源的 microRNA 候選物。有趣的是，大多數 ncRNA，包括 pol-III 轉錄本，在 Trichoplax 基因組中顯示為單拷貝基因或拷貝數非常少。