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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
在這裡，我們鑑定了感染早期可能有利於傳播的 HIV-1 B 進化枝包膜 (Env) 氨基酸特徵，以及慢性感染中可能反映免疫逃脫常見途徑的反覆突變模式。為了實現這一目標，我們比較了從感染早期或慢性感染的數百個體中透過單基因組擴增獲得的數千個序列。樣本一開始就被分為假設形成集和驗證集，我們使用系統發育校正的統計策略來識別簽名，系統地掃描所有 Env。特徵包括單一胺基酸、糖基化基序和基於胺基酸功能或結構分組的多位點模式。我們在 CCR5 共受體結合區附近、CD4 結合位點附近以及信號肽和細胞質結構域中鑑定了特徵，這些特徵可能會影響 Env 表達和加工。與傳輸相關的兩個簽名模式特別有趣。第一個是統計上最穩健的特徵，位於訊號勝肽的 12 位。第二個是 413-415 位 N 連接糖基化位點的缺失；最近發現該位點的存在與逃避有效且廣泛的中和抗體有關，這與慢性感染期間免疫逃脫的共同途徑一致。它在早期感染中反覆丟失表明它可能會影響傳播時或早期病毒擴張期間的適應性。我們確定的特徵模式表明 Env 表達水平與病毒傳播或早期擴張的選擇有關，並表明在慢性感染期間，當存在抗體時，許多個體中重複出現的免疫逃脫模式可以在適應性免疫反應之前建立感染時進行選擇。