摘要 基因組規模的直系同源分配通常是基於相互的最佳匹配

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

基因組規模的直系同源分配通常是基於相互的最佳匹配。在沒有水平基因轉移（HGT）的情況下，每對直系同源物形成相互的最佳匹配。因此，不正確的直系分配在倒數最佳匹配圖中始終是誤報。我們考慮重複/丟失場景，並描述明確的假陽性（u-fp）直系同源分配，即最佳匹配圖（BMG）中的邊不能與解釋 BMG 的任何基因樹的直向同源相對應。我們用 BMG 的子圖來描述 u-fp 邊，並表明，給定一個 BMG，有一個獨特的「增強樹」可以解釋 BMG 並根據某些子樹中物種的重疊集來識別所有 u-fp 邊。增強樹可以被建構為多項式時間內 BMG 的唯一最小解析樹的細化。從相互最佳配對中刪除 u-fp 邊會產生獨特的直系同源分配。