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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
基因結構資料可以極大地促進我們對後生動物演化的理解，並提供一種獨立的方法來解決現有假設之間的衝突。在這裡，我們使用剪接體內含子位置的變化作為新的系統發育標記來重建動物樹。此類數據是從在非常接近的序列位置對（所謂的近內含子對（NIP））處包含互斥內含子的直系同源基因推斷出來的。收集了 48 個物種的 NIP 數據，並在最大簡約 (MP) 分析中用作二元基因組水平特徵，以重建深層後生動物系統發育。所有獲得超過 80% bootstrap 支持的分組都與目前支持的系統發育假設一致。這包括單系脊索動物門、脊椎動物門、線蟲門、扁形動物門和 Trochozoa。然而，其他幾個進化枝，如後口動物門、原口動物門、節肢動物門、蛻皮動物門、螺旋動物門和真後動物動物門，卻未能被發現！一些有問題的類群，例如蟎蟲硬蜱和疣狀櫛水母 Mnemiopsis。相應的意想不到的分支可以透過一些基因組之間共享的內含子位置的共性變化的缺乏、MP分析對長分支吸引（LBA）的敏感性以及後生動物不同亞支進化過程中內含子丟失和內含子獲得的進化速率非常不平等來解釋。此外，我們還獲得了刺胞動物門、多孔動物門和扁動物門的組合，作為雙邊動物門 + 櫛水母的姐妹群，具有中等支持，這是一個有爭議的但顯著的結果。我們得出的結論是，NIP 也可以在更廣泛的系統發育背景下用作系統發育特徵，因為它們在進化過程中定期出現，而不管後生動物基因組中內含子密度的巨大變化。