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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
基因調控網絡構成了細胞適應和監視的細胞計算的第一層。在這些網絡中，轉錄因子與其目標基因之間的數千種相互作用建立了一組因果關係。這些網路的規模龐大且相互糾纏，因此很難對其內部組織進行全局了解。在此，透過大腸桿菌、枯草芽孢桿菌和釀酒酵母基因調控網絡的比較研究解決了這個問題。我們提取因果關係的最小核心，從新穎的動態/因果角度揭示層次和模組化組織。我們的結果揭示了一個明顯的自上而下的層次結構，其中包含大腸桿菌和枯草芽孢桿菌的幾個小動態模組。相反，酵母網絡在領結結構的中間顯示出單一但大型的動態模組。我們發現這些動態模組捕獲了常見和生物體特異性生物功能之間的相關連線，例如轉錄起始、代謝控制、訊號傳導、壓力反應、孢子形成和細胞週期。功能和拓撲結果表明，細菌和酵母中可能進化出了兩種根本不同形式的邏輯組織。