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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
基於同源性的短 RNA（包括 microRNA）註釋是一個難題，因為它們固有的小尺寸限制了可用資訊。高靈敏度方法，包括參數優化的blast、nhmmer或cmsearch運行，旨在提高靈敏度，不可避免地會導致大量假陽性，而這些假陽性只能透過對RNA家族典型的特定特徵進行詳細分析和/或對結構註釋的多序列比對中的保守模式進行分析來檢測。 miRNAture 管道實現了特定於動物 microRNA 的工作流程，可自動執行同源搜尋和驗證步驟。 miRNAture 管道為大量「典型」miRBase 家族帶來了非常好的結果。然而，它也強調了非典型案例的困難，特別是源自重複元件的 microRNA 和具有不尋常的分支前體結構和成熟產品的非典型位置的 microRNA，這需要領域專家的具體管理。