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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
多重序列比對是生物資訊學和計算生物學中的重要工具，用於表示一組 DNA、RNA 或蛋白質序列之間的相互進化關係和相似性。最近，他們在其他應用領域也引起了相當大的興趣，特別是在比較語言學方面。多序列比對可以看作是字串到字串編輯問題對兩個以上字串的概括。隨著運算設備能力的增強，精確的動態規劃解決方案在實務上對於 3 路和 4 路對齊也變得可行。對於成對（2-way）情況，局部比對和全局比對之間有明顯的差異。隨著考慮更多的序列，這種差異實際上可以對每個序列的兩端獨立進行，從而產生了豐富的部分局部比對問題。到目前為止，這些問題基本上還沒有被探索過。在這裡，我們介紹一個通用的形式框架，該框架提出了部分局部對齊問題的分類。這產生了一個通用方案，指導針對特定部分局部對齊問題的精確動態規劃解決方案的原則設計。