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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
宿主與病原體的相互作用是最複雜的進化現象之一，導致持續的適應性遺傳變化，其中病原體利用宿主的分子資源來生長和生存，而宿主則試圖消滅病原體。破解宿主與病原體相互作用的分子基礎有助於理解控制病原體進化和疾病傳播的因素。在宿主-病原體背景下，突變、選擇和遺傳漂變之間的平衡已知可以維持兩種生物體中的密碼子偏差。揭示偏差及其動態的決定因素的研究對於理解宿主-病原體進化至關重要。我們考慮了 1 型人類免疫缺陷病毒 (HIV) 及其人類宿主，以尋找病毒基因組中的演化特徵。眾所周知，正向選擇主導著 HIV-1 的宿主內演化，而高遺傳變異性則是中性過程驅動宿主間差異的信念的基礎。在這項研究中，我們分析了 23 年期間定序的所有亞型和演化支中 HIV-1 基因組的密碼子使用模式。我們發現三個 HIV-1 基因的密碼子偏差存在獨特的時間相關性，說明 HIV-1 基因對宿主偏好密碼子的差異適應。我們的結果表明基因特異性翻譯選擇是推動 HIV-1 在人群層面進化的重要力量。