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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
對 gp120 和 gp41 HIV-1 包膜糖蛋白 (Env) 的分子和抗原結構的了解不斷增加，為疫苗設計提供了重要的新見解，但很難將這些資訊轉化為引發廣泛中和抗體的免疫原。為了幫助彌補這一差距，我們使用系統發育校正的統計方法來識別來自產生有效中和抗體的人的 Env 中的氨基酸特徵模式，並假設這些 Env 可能具有共同的特徵，這些特徵對於納入疫苗免疫原是有用的。在嘗試此操作之前，本質上是作為對照，我們透過分析 251 個克隆病毒的 Env 序列，探索了計算方法在定義複雜中和表型特徵方面的實用性，這些克隆病毒對充分錶徵的 gp120 特異性單株抗體 b12 的中和具有不同的敏感性。我們確定了 10 個 b12 中和特徵，其中 7 個位於 gp120 的 b12 結合表面或 gp120 的 V2 區域，先前已證明這些特徵會影響 b12 敏感性。一種基於 b12 簽章模式的簡單演算法可以預測另外一組由 57 種病毒組成的盲法中的 b12 敏感性/抗藥性。在獲得這些令人放心的結果後，我們繼續應用這些相同的計算方法來定義具有有效、廣泛中和反應的 HIV-1 感染者的 Env 特徵模式。我們分析了棋盤式中和資料集，其中包含 69 名 HIV-1 感染者的血清，並針對一組 25 種不同的環境進行了測試。鑑定出具有高和低中和效力的不同血清簇。從 69 個樣本中獲得的 Env 序列中的 6 個特徵位置被發現與高效或低效反應密切相關。 gp120 的 CD4 誘導的輔助受體結合位點中有五個位點，顯示該區域在引發針對 HIV-1 的廣泛中和抗體反應中發揮重要作用。