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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
對一段時間內收集的樣本進行宿主內基因定序提供了病毒如何逃避宿主免疫的動態視圖。免疫驅動的突變可能透過選擇適應免疫逃脫週期的抗體來刺激中和廣度，從而產生受試者內表位多樣性。全面鑑定免疫逃脫突變在實驗和計算上都具有挑戰性。利用目前的技術，可以輕鬆獲得比可以測試結合和中和作用更多的病毒序列，從而使得向下選擇成為必要。通常，這是透過選擇代表系統發育樹上不同時間點和分支的變體來手動完成的。這種策略可能會錯過許多相關突變和突變組合，並且對於其他突變來說是多餘的。宿主內進化的縱向抗原序列和位點 (LASSIE) 使用傳播的創始人丟失來識別推定免疫選擇下的病毒熱點，並選擇代表選定位點中反覆突變的序列。 LASSIE 傾向於最早出現突變的序列。透過充分錶徵的縱向 Env 序列，我們確認選定的位點集中在抗體接觸中，並且選定的序列代表不同的抗原表型。實際應用包括在受試者體內的選擇性壓力下快速識別免疫靶標，選擇最少的試劑組用於表徵不斷變化的抗體反應的免疫測定，以及多價“雞尾酒”疫苗中的免疫原。