摘要 小核仁 RNA (snoRNA) 是一類非編碼 RNA，可指導其他非編碼 RNA（主要是核醣體 R

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

小核仁 RNA (snoRNA) 是一類非編碼 RNA，可指導其他非編碼 RNA（主要是核醣體 RNA）的轉錄後加工，但也參與從 microRNA 依賴性基因沉默到選擇性剪接等過程。為了建立最新的人類 snoRNA 目錄，我們結合了來自不同資料庫的數據、從頭預測和廣泛的文獻綜述。我們總共列出了 750 多個產生 snoRNA 和 snoRNA 樣基因的精選基因組位點。利用 ENCODE 計畫的小 RNA-seq 數據，我們的研究描述了 snoRNA 表達的可塑性，識別組成型以及細胞類型特異性表達的 snoRNA。特別是，惡性與非惡性組織和細胞類型的比較顯示 snoRNA 表現譜的顯著擾動。最後，我們開發了一種基於逆轉錄酶的方法的高通量變體，用於識別 RNA 中的 2'-O-甲基修飾，稱為 RimSeq。使用來自該協議和其他高通量協議的數據以及先前報告的修飾位點和最先進的目標預測方法，我們重新估計了 snoRNA 目標 RNA 相互作用網絡。我們目前的結果為 83% 的經典 snoRNA 分配了可靠的修飾位點，僅留下 76 個 snoRNA 序列作為孤兒序列。