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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
微生物多樣性通常透過將核醣體 RNA (SSU-rRNA) 序列聚類為操作分類單元 (OTU) 來表徵。由於引發和擴增的偏差，透過 PCR 對環境 SSU-rRNA 標記進行標靶定序可能無法檢測 OTU。對鳥槍法定序的環境 DNA 進行分析（稱為宏基因組學）可以避免擴增偏差，但會產生碎片、非重疊的序列讀數，這些讀數無法透過現有的 OTU 查找方法進行聚類。為了規避這些限制，我們開發了 PhylOTU，這是一種計算工作流程，可透過使用系統發育原理和機率序列圖譜從宏基因組 SSU-rRNA 序列資料中識別 OTU。使用模擬宏基因組數據，我們量化了 PhylOTU 簇讀取 OTU 的準確性。來自全球公海的 PCR 和鳥槍法測序 SSU-rRNA 標記的比較表明，雖然 PCR 文庫每個測序殘基識別出更多的 OTU，但宏基因組文庫恢復了更大的 OTU 分類多樣性。此外，我們在宏基因組文庫中發現了新的物種、屬和科，包括透過 PCR 序列分析漏掉的門的 OTU。 1總而言之，這些結果表明，PhylOTU 能夠表徵目前在基於 PCR 的多樣性調查中隱藏的部分生物圈？