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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
微生物群落的高度複雜性使得微生物相互作用的辨識具有挑戰性。為了應對這項挑戰，我們推出了 OrtSuite，這是一個靈活的工作流程，可根據微生物群落的基因組內容並針對特定的生態系統過程來預測假定的微生物相互作用。該管道由三個用戶友好的 bash 命令組成。 OrtSuite 將直系同源聚類與僅限於使用者定義的功能集的基因組註釋策略相結合，允許進行假設驅動的數據分析，例如評估特定生態系統中的微生物相互作用。 OrtSuite 平均匹配 96% 的實驗驗證的 KEGG 直向同源物，這些直向同源物涉及一組已知的苯甲酸鹽降解劑中的苯甲酸鹽降解。使用獨立研究的定序基因組評估了假定的協同物種相互作用的鑑定，該研究先前提出了苯甲酸鹽降解中潛在的物種相互作用。 OrtSuite 是一個易於使用的工作流程，允許基於使用者管理的資料庫進行快速功能註釋，並且可以輕鬆擴展到已知基因和反應之間的連接的生態系統過程。 OrtSuite 是一款開源軟體，可從 取得。