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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
我們介紹了一種從有限字母表中生成多元符號序列的方法，該字母表具有基於漢明距離的給定相似性層次結構。相似性的目標層次結構是任意的，例如透過應用於經驗相似性矩陣的某種層次聚類方法所獲得的結構。我們在這裡提出的方法是基於不利用突變率的生成機制，該機制廣泛用於系統發育分析。在這裡，我們使用所提出的模擬方法來研究與系統發育節點相關的引導值與在真實系統發育中找到該節點的機率之間的關係。該分析的結果與根據每個符號恆定突變率的進化模型在文獻中獲得的結果進行了比較。我們觀察到，節點的自舉值與相應進化枝正確機率之間的關係對資料序列的長度和系統發育樹中連接節點與其最近祖先的分支的長度都很敏感，而這種關係僅受真實系統發育的拓撲結構和相似性絕對值的輕微影響。