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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
我們使用超深度定序從三名急性感染受試者的縱向樣本中的 CD8+ T 淋巴細胞靶向區域獲得了數萬個 HIV-1 序列，並模擬了感染關鍵第一週內的病毒進化。先前的研究表明，單一病毒可以產生有效感染，但由於樣本有限，這些結論受到了影響。現在，透過基於更廣泛的採樣對觀察到的最早樣本多樣性進行建模，我們大大增加了對這一觀察結果的信心。對急性/早期感染的 HIV-1 進行常規測序顯示，不同表位的逃逸模式不同；我們對最早的越獄事件進行了細緻入微的調查。在 3-6 週的時間裡，超深測序揭示了病毒在逃避最早的 CD8 T 淋巴細胞反應的過程中探索了一系列非凡的潛在逃逸路線 - 使用 454 測序，我們在早期免疫逃逸過程中識別出了每個目標表位的 50 多種變體形式，而通過常規測序在同一樣本中僅檢測到 2-7 個變體。與表位內看到的多樣性相反，非表位區域，包括在每個受試者中作為對照進行測序的包膜V3區域，顯示出非常低水平的變異。在早期感染中，在定序區域中，共有形式不具有足夠大的適應性優勢，無法在沒有免疫壓力的情況下觸發向共有胺基酸的回應。在一名受試者中，觀察到遺傳瓶頸，第二個時間點的廣泛多樣性在第三個時間點縮小為兩種主要的逃脫形式，所有這些都在感染後兩個月內。在最早的樣本中觀察到了免疫逃脫的痕跡，這表明免疫壓力的存在和生效早於先前報導的時間；量化創始病毒的丟失率表明 CD8 T 淋巴細胞反應在病毒血症高峰後的病毒遏制中發揮著直接作用。在感染的最初幾週內，表位變異頻率的巨大變化揭示了病毒適應性和免疫逃脫之間複雜的相互作用。