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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
我們分析了古細菌、細菌、葉綠體、粒線體和真核生物的 16 S 和 16 S-Like、23 S 和 23 S-like 核醣體 RNA 的鹼基配對機率分佈，正如 McCaskill 引入的 RNA 折疊分配函數方法所預測的那樣。透過將鹼基配對機率分佈與比較序列分析（比較結構）預測的結構進行比較，對RNA折疊的可靠性進行定量分析。我們區分了兩個與 RNA 最小自由能結構的可靠性相關的因素。第一個因素是特定鹼基對的優勢或鹼基配對機率分佈 (BPPD) 內給定鹼基不存在鹼基配對。我們透過香農熵 (S) 來表徵每個鹼基的 BPPD，包括不鹼基配對的機率。 S 值表示鹼基配對的不確定性：低 S 值是由單一鹼基對或缺乏鹼基配對強烈主導的 BPPD 造成的。我們表明，具有低 S 值的鹼基其最小自由能 (MFE) 結構對應於比較結構的機率相對較高。在 37 攝氏度下計算，生活在高溫下的原核生物（嗜熱古細菌和細菌）的 BPPD 的 S 值低於生活在較低溫度下的原核生物（嗜溫和嗜冷古細菌和細菌）的 BPPD。這反映了核醣體 RNA 對環境溫度的適應。關於 MFE 結構折疊的可靠性需要考慮的第二個重要因素是熱力學模型的不同程度的適用性。不同RNA組的RNA摺疊。在這裡，我們表明，在顯示低 S 值的鹼基中，古細菌和細菌具有相似的高機率（16 S 中分別為 0.96 和 0.94，23 S 中分別為 0.93 和 0.91），MFE 結構對應於比較結構。這些機率在葉綠體（16 S 0.91、23 S 0.79）、粒線體（16 S 樣 0.89、23 S 樣 0.69）和真核生物（18 S 0.81、28 S 0.86）中較低。 (C) 1997 學術出版社有限公司。