摘要 我們在這裡介紹一種啟發式的 RNA 動態折疊方法，透過逐步組合構建塊來建立二級結構

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

我們在這裡介紹一種啟發式的 RNA 動態折疊方法，透過逐步組合構建塊來建立二級結構。這些塊對應於子序列及其熱力學最佳結構。這些是由 RNA 折疊的標準動態程式方法決定的。使用摩根-希格斯啟發式和基於屏障樹的啟發式以鹼基對分辨率對折疊軌跡進行建模，以連接局部構建塊的組合。該演算法在 Kinwalker 程式中實現，允許共轉錄折疊，可用於折疊長度最多約 1500 個核苷酸的序列。與文獻中幾個經過充分研究的例子（包括噬菌體三葉草結構的延遲折疊、腺嘌呤感測核糖開關和 hok RNA）的詳細比較顯示，預測軌跡和實驗證據非常一致。該軟體作為 ViennaRNA 軟體包的一部分提供。 (C) 2008 Elsevier Ltd. 保留所有權利。