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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
我們描述了一種透過低覆蓋率短讀長和長讀長組合組裝基因組的新方法。 LazyBastard 從長讀和限制性過濾的短讀單元之間的二部重疊圖開始，然後將其簡化為長讀重疊圖 G。從 G 中刪除邊以首先獲得一致的方向，然後獲得 DAG。使用基於適當區間圖屬性的啟發法，重疊群被提取為最大權重路徑。這些僅在最後一步才被翻譯成基因組序列。 LazyBastard 的原型實現完全用 Python 編寫，與最先進的管道相比，不僅可以產生更準確的酵母和果蠅基因組組裝，而且需要的計算量也少得多。