摘要 我們描述了急性感染期間病毒進化的數學模型和蒙特卡羅（MC）模擬

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

我們描述了急性感染期間病毒進化的數學模型和蒙特卡羅（MC）模擬。我們考慮病毒感染新標靶細胞的同步過程和同步過程。該模型能夠評估源自單一傳播病毒株的新 HIV-1 感染的預期序列多樣性，估計傳播病毒譜系的最近共同祖先 (MRCA)，並估計合併回 MRCA 的時間。我們也計算了 MRCA 是傳播病毒或進化變種的機率。排除插入和缺失，我們假設 HIV-1 在免疫反應之前的 HIV-1 感染的最早階段透過鹼基替換進化，沒有選擇壓力。與遵循譜係向後直至合併的系統發育方法不同，我們將觀察到的數據與及時向前的病毒種群多樣化模型進行比較。為了說明這些方法的應用，我們提供了模型和模擬結果與在單一時間點從 8 個新感染受試者獲得的 306 個包膜序列的詳細比較。來自 6/8 患者的數據與模型預測非常一致，因此與在無選擇壓力下進化的單菌株感染相一致。另外兩名患者的樣本多樣性太大，無法用模型來解釋，這表明存在多種 HIV-1 病毒株。該模型還可以應用於縱向患者數據，以估計宿主內病毒進化參數。