摘要 我們最近開發了一種新策略，利用單基因組擴增和隨機病毒進化模型來識別急性感染人群中傳播的 HIV 1

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

我們最近開發了一種新策略，利用單基因組擴增和隨機病毒進化模型來識別急性感染人群中傳播的 HIV-1 基因組。在這裡，我們使用這種方法確定了 18 隻實驗感染的印度恒河猴中猿猴免疫缺陷病毒 (SIV) 傳播的分子特徵。動物經直腸內 (i.r.) 或靜脈注射 (i.v.) 接種 SIVmac251 或 SIVsmE660 儲備液，這些儲備液表現出早期慢性 HIV-1 感染典型的序列多樣性。感染後 1-5 週，從血漿病毒體 RNA 中確定了 987 個全長 SIV env 序列（中位數為每隻動物 48 個）。愛爾蘭接種後，一種或幾種病毒（中位數 1；範圍 1-5）產生有效感染，這些病毒隨機多樣化，具有近乎星狀的系統發育和突變的泊松分佈。來自病毒血症加速期和峰值病毒血症的共有病毒序列與接種物中發現的病毒相同，或僅與它們有一個或幾個核苷酸不同，這提供了早期血漿病毒序列與傳播/創始病毒結合的直接證據。靜脈注射感染效率比 i.r. 高 2,000 倍以上。感染和透過任一途徑傳播的病毒代表了接種物的完整遺傳譜。這些發現確定了 SIV 和 HIV-1 之間黏膜傳播和早期多樣化的關鍵相似性，從而驗證了用於 HIV-1 疫苗和殺菌劑研究的 SIV-獼猴黏膜感染模型。